根本区别在于微波的穿透力。由于采用波长为 122 毫米的电磁波（远红外的波长小于 1 毫米），其穿透能力是远红外电磁波的 100 倍以上，因此能够迅速打开毛细血管，彻底改善病变组织的血液循环。
主要的治疗机理如下：
1. 病变组织中的水分子和带电物质吸收穿透进来的微波能量后发生振荡和旋转。组织温度升高，原本堵塞的毛细血管被打开，血流量成倍增加。
2. 大量白细胞、巨噬细胞和免疫蛋白在病变组织细胞周围循环，从而达到清除炎性物质、吸收炎症以消肿的效果。
3. 由于大量新鲜血液灌注到病变组织中，病变组织的细胞可以轻松获得生命和代谢所需的营养物质，使病变细胞自身及其功能得以恢复。
4. 酶只有在 37℃ 左右的温度下才能正常发挥作用。当人体组织随着血液循环的改善而恢复正常体温时，酶就能发挥其应有的作用。
5. 人体局部组织吸收微波能量后，温度升高，血管周围的间质引起轴突反射，扩张血管，大大增加血流量，有效清除代谢产生的致痛物质，纠正酸碱平衡。同时，"温度感觉"的激活抑制了"疼痛感觉"的神经传导，因此具有快速缓解和减轻疼痛的双重效果。